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编号:13474034
基于转录组测序技术研究川芎嗪对急性脊髓损伤模型大鼠基因表达的影响(3)
http://www.100md.com 2020年6月1日 《中国药房》 202011
     2.4.2 HE、尼氏染色观察 每组在相应时间点取3只大鼠的脊髓标本适量,置于4%多聚甲醛溶液中固定过夜,次日经常规脱水、透明、石蜡包埋后切片(厚度约4 μm)。切片分别经HE、尼氏染色后,置于显微镜下观察并拍照,记录大鼠脊髓损伤及恢复情况[经HE染色后,神经细胞的细胞质呈红色,细胞核呈蓝紫色;经尼氏染色后,尼氏体呈块状(如虎斑状)或颗粒状]。

    2.4.3 DEGs分析 每组在相应时间点取另外3只大鼠的脊髓标本适量,采用Ambion Trizol试剂盒提取总RNA,选择质量合格[即经生物分析仪检测,RNA完整值(RIN)≥7;28S/18S≥1.5,且起始量为0.1~1 μg][11]的总RNA作为mRNA测序的建库起始样品,经mRNA纯化及片段化、cDNA合成、文库片段富集、文库质检后,采用二代转录组测序技术以高通量转录组测序仪对上述文库进行双末端(PE)测序。使用Cutadapt v1.15软件对原始数据进行处理,去除3′端带接头的序列、平均质量分数低于Q20的序列,以保证测序错误率<1%;使用FastQC v0.11.8软件对测序数据进行单碱基质量分布、含量分布、Reads值平均质量分布检测 ......
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