第2个阶段：本研究分别针对冠心病和中风病进行如上的4步分析，最后对2种疾病下的结果进行对比。一方面根据2种疾病下得到的频繁基因组合，找出步长脑心通主要成分在2种疾病中共同作用的靶标组合，及这些成分在2种疾病中各自不同的作用对象；另一方面，通过分析2种疾病共同的基因在不同疾病网络中的邻居节点的特性来进一步分析该方的间接作用。结合2个方面的分析，从而从分子层面上解释步长脑心通方脑心同治的物质基础和作用机制。

    2结果和分析

    2.1疾病相关蛋白质交互作用网络本研究中分别针对冠心病和中风病在OMIM数据库中找到相关的疾病基因，其中冠心病131个基因，中风病165个基因。分别将疾病基因映射到GeneMania蛋白质交互作用(PPI)网络中得到2种疾病相关的网络。其中对于每一种疾病，都构建2个网络，一个是仅仅通过通路进行关联的蛋白质交互作用网络，见图2，3，一个是包括了数据库中所有关联类型(共表达，共位，通路关联，物理关联，共享蛋白质域，基因关联)的蛋白质交互作用网络。在利用数据库中所有类型的关联构建网络时，边的个数庞大，这里为了保证结果有更高的可信度，网络构建中只保留那些权值较大的边(大于GeneMania中得到的整个网络的边权值的平均值)及边对应的节点 ......